Рудный район включает приподнятый блок Омолонского срединного массива (Кедонское поднятие) и западную часть Ауланджинского (Авландинского) прогиба, заполненного палеозойскими и мезозойскими осадочными толщами.
Для докембрия Кедонского поднятия характерно наличие как обычных лейко- и мезократовых гнейсов амфиболитовой фации метаморфизма, так и пироксеновых (в том числе двупироксеновых и ортопироксеновых) базитовых пород гранулитовой фации. Как показывает анализ гравитационного поля земная кора Омолонского массива значительно разуплотнена, что связано с интенсивным неоднократным проявлением кислого, среднего и щелочного интрузивного и вулканического магматизма в раннепалеозойское, среднепалеозойское, юрское и меловое время.

Крупнейшим металлогеническим подразделением района является Авландинская рудная зона; выделяется также несколько других рудоносных территорий. В пределах Авландинской рудной зоны известны относительно многочисленные непромышленные месторождения и слабо изученные рудопроявления золота с неясными перспективами, а также крупное золоторудное месторождение Кубака.
Авландинская золотоносная рудная зона вытянута в северо-восточном направлении не менее чем на 120 км вдоль Верхне-Омолонской зоны разломов. Последняя представляет собой серию разветвляющихся эшелонированных разрывов северо-восточного и северо-северо-восточного простирания шириной порядка 20 км. Основные составляющие ее разрывы образовались в конце палеозоя и развивались главным образом на протяжении мезозоя.
Верхне-Омолонская зона разломов хорошо выделяется на карте локального поля силы тяжести в виде линейных отрицательных аномалий, вызванных грабенообразными прогибами, заполненными пермскими и мезозойскими отложениями, а также приуроченными к ним интрузивньми и субвулканическими образованиями кислого состава. Вдоль Верхне-Омолонской зоны разломов наблюдается повышенная золотоносность аллювия, а также полоса золоторудных проявлений

Собственно месторождение Кубака расположено в пределах Омолонского срединного массива и приурочено к вулканитам кедонской серии средне-позднедевонского возраста. В пределах массива фиксируются две линейные рудоконцентрирующие структуры: Южно-Омолонская и Ольча-Кубакинская. Кубакинское месторождение располагается во внешней зоне гранитизированного основания массива в узле пересечения рудоконцентрирующих структур.

Месторождение расположено в пределах Авландинского рудного узла, которому отвечает положительная аномалия силы тяжести размером 30*60 км. С запада к ней примыкает небольшая уникальная по интенсивности отрицательная аномалия силы тяжести, имеющая овальную форму.
Рудный узел пространственно совпадает с одноименным палеовулканическим сооружением. Это совпадение не случайное - золото-серебряное оруденение обязано своим происхождением процессу длительного многоэтапного развития этой вулканоструктуры, являющейся геологическим эквивалентом рудного узла.
В ней отчетливо выделяются жерловая, околожерловая и периферическая части, разделенные концентрическими разломами. Жерло вулканоструктуры сложено игнимбритами и кластолавами трахириолитового состава, местами отмечаются тефроиды с потоками пенистых лав риолитов. На периферии вулканического сооружения развиты, главным образом, удаленные фации - туфопесчаники, туфоалевролиты, туфы кислого и среднего состава, в т.ч. пепловые и кремнистые, реже игнимбриты и агломератовые туфы. Фиксируется ряд субвулканических тел трахириолитов и риодацитов, внедренных, главным образом, по концентрическим разломам. Гидротермальные изменения вулканитов представлены площадной пропилитизацией, крупные поля метасоматитов развиты по флангам вулканоструктуры. Метасоматиты сопровождаются золотоносными жильно-прожилковыми зонами адуляр-кварцевого, кварцевого и карбонат-кварцевого состава.

Золотое оруденение, сопровождаемое ореолами шлихового золота, располагается во внешней, периферической части вулканоструктуры и распределено в ее пределах неравномерно. Оно сосредоточено на двух, относительно небольших рудоносных площадях, размером в 30-35 км² на юго-западном и северо-восточном флангах этой структуры. Эти площади получили название, соответственно, Кубакинского и Стрелинско-Грунтовского рудных полей. В структурном отношении рудные поля отвечают секториальным блокам периферической части Авландинского стратовулкана. Они ограничены концентрическими и радиальными разломами этой структуры. Приуроченность оруденения к флангам вулканоструктуры свидетельствует о периферической разгрузке гидротерм и низком уровне эрозионного среза вулканического сооружения, так как в случае ее глубокого среза оруденение тяготело бы к ее жерлу или околожерловой части.

Месторождение Кубака располагается в юго-западной части Авландинского рудного узла, на периферии Авландинской вулканоструктуры, осложненной Кубакинским взбросом. Рудные тела сосредоточены в блоке, площадью около 8 км², вытянутом в северо-западном направлении. Рудоносный блок сложен стратифицированными вулканитами кедонской серии, слагающими моноклиналь, полого наклоненную на юго-запад (200-210°) под углом 10-15⁰, согласно с общим планом периклинального залегания вулканитов вокруг Авландинского палеовулкана. Наблюдаются гомодромные ритмы, представленные чередованием снизу вверх эффузивов среднего и кислого состава. Вулканиты прорваны силлами риодацитов и андезито-дацитов, а также дайками трахириолитов того же возраста, и более поздними дайками долеритов. Южный фланг рудоносного блока перекрыт несогласно залегающими терригенными осадками корбинской свиты раннекаменноугольного возраста.

Оруденение связано с прожилково-жильными зонами, локализованными в пределах лестничной системы секущих крутопадающих разломов северо-западной ориентировки.
Основные запасы золота, около 85%, сосредоточены в Центральной зоне, 10% - в Цокольной, 5% - в Северной.

Прожилково-жильные зоны разделены системой поперечных сбросо-сдвигов на отдельные блоки, образующие самостоятельные рудные тела. Для них характерно многократное брекчирование и наложение нескольких стадий рудообразования. В зальбандах прожилково-жильных зон постоянно присутствует оперяющая система субширотных жил выполнения поздней продуктивной стадии рудообразования. В поперечном разрезе рудные зоны представляют собой веерообразный пучок, расширяющийся по восстанию. Прожилково-жильные зоны сопровождаются гидротермально-измененными породами хлорит-гидрослюдистой фации, образующими ореол шириной до нескольких десятков метров. Мощность рудоносных прожилково-жильных зон составляет от первых метров до 20-30 м, жил выполнения 1-3 м.

Золото-серебряная минерализация локализована в основном в жильных образованиях, в незначительных количествах - в приконтактовых частях жил. Жильные системы прослеживаются на глубину до 500-700 м.
Промышленное оруденение локализовано в верхних частях вулканитов кедонской серии, его вертикальный размах достигает 220 м. Характерным является литологический контроль оруденения, имеется много примеров экранирования оруденения, особенно ранних стадий рудообразования - контактами пологозалегающих вулканогенных образований.

На месторождении выделяются две основные продуктивные стадии : ранняя карбонатно-анортоклаз-кварцевая и поздняя - хлорит-адуляр-кварцевая, разделенные формированием в рудовмещающих структурах слабооруденелых брекчий с халцедон-кварцевым цементом, которые проявились вторично и в завершающий этап рудообразования. Количество рудных минералов не превышает 0,5%. Среди рудных минералов преобладает золото, отмечаются пирит, арсенопирит, галенит, фрейбергит, акантит, науманнит, агвиларит и некоторые другие, более редкие минералы. Золото преимущественно свободное, тонкое, главным образом, низкой пробы (600-750), кроме того, встречаются электрум, кюстелит и самородное серебро. Золото-серебряное отношение в рудах высокое (1:2). Текстуры руд - колломорфно-полосчатые, каркасно-пластинчатые, крустификационные, глобулярные - типичны для близповерхностного оруденения вулканогенной золото-серебряной формации.